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沈阳综合保税区是在整合原沈阳保税物流中心、辽宁沈阳出口加工区、沈阳张士出口加工区的基础上设立的，汇聚了保税港区，保税物流园区和出口加工区等多种海关特殊监管区域的全部优惠政策，是地处内陆的虚拟港口，是口岸功能的内陆延伸。

A区：沈阳综合保税区（A区）规划面积4.1982平方公里，位于沈阳近海经济区，东至通海产业大道，南至沈盘公路，西至回水渠，北至南三路，其中一期建设面积为1.168平方公里；沈阳综合保税区A区是由原沈阳保税物流中心和原沈阳（张士）出口加工区合并后组建的;A区将依托沈西工业走廊和沈阳近海经济区的资源优势，吸引大型的仓储、分拨、配送及采购类别的物流企业以及加工贸易型企业入驻，突出综合保税加工和保税物流的功能。B区：沈阳综合保税区（B区）规划面积3平方公里，位于沈阳浑南新区东产业区，东至祝科街，南至沈抚铁路，西至文溯街，北至浑南大道，其中一期建设面积为0.686平方公里。沈阳综合保税区与绥芬河综合保税区、大连保税港区遥相呼应，努力打造一个非临海、临江，非临边、临空，最具腹地纵深的内地虚拟口岸。B区将依托高新技术产业集群优势以及背靠桃仙机场的区位优势，大力发展国际航空物流，吸引对航空运输时效性、依赖度较强的电子信息、生物制药、环保节能等高新科技、高附加值的产业类别企业入驻，突出口岸通关和保税加工功能。原辽宁沈阳出口加工区则改为沈阳综合保税区（B区）。